Zeist heeft een waardevol maar ook kwetsbaar watersysteem. Net als in de rest van Nederland is de grond– en oppervlaktewaterkwaliteit onvoldoende. Dit is schadelijk voor mens en natuur. Het water moet daarom schoner door schadelijke stoffen actief te weren of uit het water te zuiveren. Ook de hoeveelheid water is een zorgpunt, niet alleen door verdergaande verdroging, maar ook door de (te) efficiënte afvoer van hemelwater waardoor grondwater wordt onttrokken aan de Heuvelrug.